Las raíces antisemíticas pueden hallarse en el seno del cristianismo desde los primeros tiempos. Pero fue sin embargo en la Edad Media cuando este fenómeno se agudizó. Los iniciales motivos religiosos se sumaron a razones menos teológicas que económicas. Actividades como el prestamismo estaban vedados a los cristianos, roles que llevados a cabo por los judíos, contribuyeron a construir el resentimiento entre religiones.
Los grupos judíos se concentraban en barrios cerrados (Ghettos, calls, juderías) y eran obligados a llevar distintivos identificatorios. España fue como es sabido, un espacio de relativa tolerancia interreligiosa en tiempos medievales, hasta que comenzaron las matanzas en 1391 hasta expulsarlos del país definitivamente en el 1492, tras la alianza de la coronas de Castilla y Aragon.
El antisemitismo continuó extendiéndose en la Europa del siglo XIX en donde hubieron enormes represiones en Rusia y Polonia durante el regimen zarista, al tiempo que surgían doctrinas sobre la superioridad de los airos. Estos antecedentes crearían los cimientos de la Alemania de Hitler y el Holocausto.
La Iglesia Católica fue antisemita en muchas ocasiones, en efecto, el judaísmo era una religión en la que la figura de Cristo no estaba contemplada. Pero en tiempos de Juan Pablo II se pidó perdón por los errores contra el pueblo judío del pasado católico. En agosto del 2000, los teólogos se opusieron a la beatificación de Pio IX por su comportamiento antisemita.